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I primi, sporadici scavi di Ostia ebbero luogo alla fine del 1700. Poi il Papa Pio VII (1800-1823) nel 1805 diede avvio ad una campagna sistematica, che venne proseguita sotto Papa Pio IX (1846-1878) a partire dal 1870, sotto la guida di Rodolfo Lanciani, illustre archeologo italiano.
Altre campagne furono intraprese nel 1909 e quindi tra il 1938 ed il 1942; furono in particolare riportati alla luce, sotto la guida dell'archeologo Guido Calza, i due terzi della città ostiense. In quegli anni infatti, in ossequio ad un intento propagandistico del regime fascista, furono portate alla luce febbrilmente quasi tutte le rovine che oggi si vedono, e vennero asportati velocemente ed in modo approssimativo, come si verificò del resto anche a Roma negli scavi dei Fori Imperiali, cumuli di terra e detriti che avrebbero potuto, se studiati, documentare la fase tardo-antica di Ostia. I restauri inoltre, tesi a rendere i ruderi più completi e “veri”, furono molto pesanti, deturpando talvolta le antiche strutture.
E' interessante, per comprendere come furono condotti alcuni interventi, rileggere una relazione eseguita dallo stesso archeologo nel 1941: “(...) via via che si procede alla scoperta dei monumenti e degli edifici, essi vengono consolidati nelle murature fatiscenti e pericolanti e riportati al loro aspetto originario mediante il ripristino dei pezzi caduti, il rialzo delle colonne e la ripulitura dei mosaici e dei dipinti, che spesso bisogna staccare dai pavimenti e dalle pareti perché riacquistino la solidità primitiva (...)”.
Oggi il metodo usato nello scavo archeologico è molto diverso: si parte necessariamente dal presupposto che ogni strato sia testimonianza di un momento storico ed in quanto tale, prima di essere eliminato per sempre, debba essere disegnato, fotografato e studiato. Questa tecnica, nota come “scavo stratigrafico”, consente di raccogliere il maggior numero di dati possibili utili a procedere verso una approfondita conoscenza del passato.