Le Grotte Vaticane si estendono sotto una parte della navata centrale della Basilica di San Pietro in Vaticano, a tre metri di profondità sotto l'attuale pavimento, dall’altare maggiore (il così detto altare papale) fino a metà della navata. Costituiscono una vera e propria chiesa sotterranea che occupa lo spazio tra l’attuale pavimento della basilica e quello della antica basilica costantiniana del IV secolo. In effetti, quelle che imprecisamente vengono denominate "grotte" in realtà sono l'intercapedine tra la antica basilica costantiniana e quella moderna: percorrendo le "grotte" si passeggia in quella che era la primitiva basilica fatta edificare da Costantino e durata fino al XVI secolo. Infatti le "grotte" non coincidono con la lunghezza della soprastante navata centrale della basilica, ma giungono solo fin dove arrivava la navata principale della basilica del IV secolo.
La planimetria delle grotte vaticane, che si articolano in nicchie e cappelle laterali, è quella di una chiesa a tre navate con cappelle che accolgono le tombe dei pontefici. L’abside della antica chiesa, con cappelle e tombe (note come “grotte nuove”) ha come centro ideale la cappella di San Pietro, a cui corrisponde, al di sopra delle grotte, l'altare papale e la cupola di Michelangelo, e nella necropoli sottostante, la tomba di Pietro, il primo vescovo di Roma.
Le grotte vaticane rappresentano senza dubbio un contesto monumentale importantissimo per le numerose memorie storiche in esso custodite. Oltre ad accogliere le sepolture di molti pontefici, le grotte vaticane sono ricche di capolavori provenienti dall’antica basilica costantiniana, come ad esempio il sarcofago di Giunio Basso, gli affreschi attribuiti a Pietro Cavallini, sculture di Arnolfo di Cambio, il monumento funebre del Card. Berardo Eroli, di Giovanni Dalmata.
Tra le più alte personalità sepolte nelle Grotte menzioniamo l’imperatore Ottone II morto a Roma nel 983, papa Bonifacio VIII (1294 -1303) che proclamò il primo Anno Santo del Giubileo e che è sepolto sotto la pregevole scultura di Arnolfo di Cambio; e ancora Giacomo III Stuart con i suoi figli, la regina Cristina di Svezia (1626 -1689), vicina alla tomba di papa Giovanni Paolo II e a poca distanza dalla Cripta della Confessione, in cui papa Wojtyła andò molte volte a pregare.
