Il Sepolcro degli Scipioni fu “riscoperto”, nonostante se ne conoscesse grosso modo la posizione grazie alle fonti letterarie, in due distinti momenti, prima nel 1614 e di nuovo dai proprietari del terreno nel 1780, nel corso di lavori per lo scavo di una cantina. Danneggiato gravemente da scavi portati avanti con i metodi discutibili di quei tempi, l’ipogeo fu restaurato nel 1926 dalla X Ripartizione del Comune di Roma: furono allora asportate le strutture apposte dagli scopritori per sostenere il soffitto pericolante e furono condotte approfondite ricerche per riposizionare in copia gli epitaffi e le sepolture.
Il primo impianto del sepolcro si può collocare con sicurezza all'inizio del III secolo a.C. ad opera di Lucio Cornelio Scipione Barbato, console del 298 a.C.; il suo sarcofago, l’unico rimasto integro, è ora nei Musei Vaticani insieme agli originali delle epigrafi. Grazie a molte citazioni antiche, e grazie alla testimonianza di Cicerone, sappiamo che l’ipogeo fu utilizzato fino all'inizio del I secolo a.C. Esso accoglieva inoltre le spoglie di un personaggio estraneo alla famiglia dei Cornelii Scipioni: il poeta Ennio. Viceversa nessuno degli Scipioni più famosi, l'Africano, l'Asiatico e l'Ispanico, fu deposto qui, ma, secondo Tito Livio e Lucio Anneo Seneca, furono sepolti nella villa di Liternum.
Gli epitaffi sui sarcofagi permettono di datare l'utilizzo dell'ipogeo fino al 150 a.C. circa, quando la tomba ormai al completo venne integrata da un altro ambiente, di forma quadrangolare non in asse con la prima, dove furono collocati pochi altri membri della gens, non oltre la fine del II – inizi I secolo a.C. Risale a questo periodo la costruzione di una facciata rupestre. La decorazione del sepolcro è attribuita a Scipione Emiliano ed è un esempio mirabile di ellenizzazione della cultura di Roma a livello delle classi dirigenti nel II secolo a.C. In questa epoca il sepolcro divenne una specie di museo gentilizio, che esaltava la storia della famiglia attraverso la celebrazione delle imprese dei suoi membri.
L'ultimo uso documentato del grande ipogeo risale ad epoca claudio-neroniana, quando vi furono sepolti la figlia e il nipote di Cornelio Lentulo Getelico, sepoltura determinata dai ragioni ideologiche legate alla discendenza dagli Scipioni. Entro il III secolo d.C. il sepolcro fu inglobato in altri edifici estranei all’antico impianto funerario.
